Bert Thormeier und Frank Schiffke, die beiden Gründer des Unternehmens haben Ihre Selbständigkeit im Bereich Datenbank-Consulting für Behörden und mittelständische Unternehmen begonnen. Als offizieller Oracle-Partner bietet die NetApps GmbH auch heute noch qualifizierte Beratung und Softwareentwicklung speziell für dieses Datenbanksystem.
Bereits 1996 erfolgte der Einstieg in den Internet-Bereich, zunächst mit der Entwicklung eines Abrechnungssystems für Internet-Provider und später mit der Realisierung von Lösungen im Bereich Database-Publishing.
Im Jahre 1997 wurde bei der Evaluierung von Shop-Lösungen die Entscheidung gefällt, eine eigene Lösung zu realisieren und in das Produktportfolio aufzunehmen. Der Grundstein für die heutige, modulare Software-Architektur war gelegt.